filesディレクトリ内の各ディレクトリのパーミッション

Drupal 6.19 を使用しており、この度共用サーバーからVPSに移転しました。
imagecacheモジュールを使用しておりますが、
共用サーバーの時は、"files"ディレクトリのパーミッションが777でそれ以下のディレクトリは755という状態で動作しておりました。
しかし、VPSに移転後は、"files"ディレクトリも含め、それ以下のフォルダもすべて777でないとファイルがアップロードできなくなりました。

初めて自分で構築したサーバーなので、サーバー側の設定などが影響しているかもしれないですが、どのあたりに可能性があるのか見当がつきません。

それと、これも関係しているのかもしれませんが、Drupalを設置したディレクトリに置いたphp.iniが効きません。

ひとまず現状でも動作はしており問題はありませんが、従来通りで動かないというのは気になりますし、あとあと問題が出てこないように解決できるならしたいです。

Drupal側の問題ではないかもしれませので場違いな質問になってしまっているかもしれませんが、もしお心当たりがある方がいらっしゃいましたらアドバイスをいただければ幸いです。