clean URL's

Buenas tardes, después de actualizar drupal de la versión 8.3.5 a la versión 8.5.3, empezó a aparecer index.php en cada link de la página(www.ejemplo.com/index.php/nosotros). he intentado modificar el archivo .htaccess de la siguiente manera

RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/favicon.ico
RewriteRule ^ /index.php [L]

He leido toda la información de este link: https://www.drupal.org/docs/8/clean-urls-in-drupal-8/fix-drupal-8-clean-...
sin lograr que funcione.

Hi Folks,

New to Drupal and I'm having a problem with clean URL's in a multisite setup.
Details:
-Server 2012 R2, IIS 8.5
-Drupal 7.38
-MySQL

I can create a blank dummy site and no issue enabling clean URL's.
However on the multisite setup I have no luck.

The physical file path is as such:
C:\inetpub\wwwroot\"drupal"\sites with all the individual websites in the "sites" folder.

In IIS all the subsites have individual sites that physically point to the parent (C:\inetpub\wwwroot\"drupal")