Netbeansでのモジュールの開発

netbeansでモジュールを作りたいのですが（モジュール作成は初めてで、本読んで本にあるサンプルを作ります）、
youtubeなどで色々と探すと、drupalごとプロジェクトに取込んでいます。

モジュールだけ開発するときに、
includeで別ディレクトリをのdrupal本体を指定しておき、
プロジェクト内のファイル自体はモジュールだけにしようと思いますが、
これはあまり良くない方法でしょうか？

IDEの使い方がまだ良く理解していないのですが、
フレームワーク（zendframeworkやsymfony）などはincludeする場合が多いと思いますし、
includeすることで関数やクラスなどは参照できるでしょうか？（できなきゃフレームワークをincludeするやりかたができないはず）
なんて想像しています。

定石などがありましたら教えてください。
また、netbeans向けのサードパーティプラグインなどあるみたいですが、netbeansを使う開発の何かノウハウありましたらあわせてお願いします！