バッチ処理の実現

簡単ですが回答します。Drupal8はよく知らないですが。。

ブロック後に一定時間経ったらユーザを抹消するためのバッチ処理を
作ることになりました。
今、設計側から言われている方針は以下です。
　○一定間隔で抹消用のシェルスクリプトを起動
　　※具体的な事は分かりません。
　　　とりあえず、どこからかシェルスクリプトが
　　　キックされるということだけ分かっています。
　○シェルスクリプトが抹消用のPHPプログラムを実行

ユーザをブロックするというのは、ユーザのステータスが"非アクティブ"になるということですか？
一定時間経過というのはユーザ情報の最終更新日時から判定できますね。
バッチ処理は Drupal(php?) 上の cron で賄えるかと...シェルスクリプトいらない気がします
- Drupal API の勉強せずにPHPだけで賄うのは良くないことだと思いますよ。むしろ経験則では害悪(保守性を犠牲にしてる)

alpha 版ではありますが、とりあえずRules | Drupal.org を使って、ユーザアカウントのキャンセルができるようになった方がよいかと。

p.s.
納期はいつですか？

私も kamihicouki さんと同じく Rules を使う方法をおすすめします。ただ Rules は（他のモジュールもそうですが）最初は学習コストがかかる & 慣れていないと想定外の動きをしたときの問題解決に骨が折れるので、スクリプトを使う方向である程度進まれているのであればそのままスクリプトを使われる形でもよいのかなと思います。

質問①

スクリプトでのアプローチ自体は特に間違っているということはないと思いますが、特定のクラスだけを読み込んで使うやり方は Drupal では原則あまりやらないものと思います。

バッチ処理を作るのによい方法のひとつは hook_cron() というフックを実装することです。ここで、「フックを実装」というのは、カスタムモジュールを書いてその中で関数名の先頭の hook の部分をモジュールのマシン名に置き換えた関数（モジュール名が mymodule で hook_cron() の場合は mymodule_cron() ）関数を定義することです。

https://api.drupal.org/api/drupal/core%21core.api.php/function/hook_cron...

hook_cron() ではなくあくまでもスクリプトで処理をされたい場合は Drush コマンド（ drush php-script ）経由でそのスクリプトを呼び出すのがよいものと思います。

http://drupal.stackexchange.com/questions/9837/how-to-execute-php-script...
https://drushcommands.com/drush-8x/core/php-script/

drush php-script だと都度 require 等をする必要がなくクラスをそのまま使えます。

質問②

理屈としては、 User クラス等を正しく使えるようにするなら index.php 内の処理の流れを再現する必要があります。ただそれは大変な（ & お作法がよくない）ので、上述のとおり Drush （ drush php-script ）を使う形がよいと思います。

質問③

かんたんにではありますがご説明します（詳しくお知りになりたい場合は英語でググってみてください。同様の質問が見つかるものと思います）。

• module はモジュールを作成したときにデフォルトで読み込まれる php ファイルです。
• inc は Drupal の旧来の php ファイル用の拡張子で module 以外の php ファイルを格納します。手続き型の関数が主に格納されています。
• php はクラスやインタフェース、トレイトを定義しているファイル、でしょうか（ファイル名 = クラス名）。クラスオートローディングの対象です。

ご参考になればと思います。

色々な方法で実現はできますが、シェルスクリプトから任意のタイミングで呼ばれることが決まっているのであれば、
hgoto さんが紹介してくれた drush php-script がフィットするかと思います (私もよく使います)。

理屈としては、 User クラス等を正しく使えるようにするなら index.php 内の処理の流れを再現する必要があります。

もうちょっと細かい話をすると、全てのDrupalのクラスやメソッドを使いたい場合は、Bootstrap と呼ばれるDrupalの機能を使うための初期処理を行う必要があります。

• https://naveensnayak.wordpress.com/2014/02/11/drupal-7-bootstrap-load-dr...
• http://drupal.stackexchange.com/questions/174474/bootstrap-from-external...

drush php-script を使うとこの Bootstrap の部分は勝手にやってくれるので楽ができます。
上のリンクのようにベタに書くこともできますが、Drupalのバージョンが変わった時にそのままで動くとは限りませんので、直接書くにはオススメしません。

ちなみに、Drupal 8のRulesモジュールはまだ alpha ですので、 might include security issues です。
セキュリティの要件が厳しいところで使う場合は自己責任で (厳しところなら私は使いません、責任取れないので)。

https://www.drupal.org/docs/8/understanding-drupal-version-numbers/what-...

あるいはこういうのはいかがでしょう。
以下では任意のタイムスタンプを基準にユーザを抽出しdrush ucanに渡しています。これにユーザの状態を含めてdrush ucanに渡せばいいのではないかと考えました。

drush sqlq "SELECT GROUP_CONCAT(name) FROM users_field_data WHERE created >= 1481272884"| xargs drush ucan -y