サイトをコピーする方法について

こんにちは、ほどたです。

Drupalのサイトを丸ごと別のサーバーに移行する場合、ホスティングやサーバーのシステム環境により調整が必要ですが、
同じDebianで運用する場合は、移行元でMySQLのSQLダンプファイルとDrupalのディレクトリをTAR形式でバックアップ、
移行先でデータベースを作成、そのデータベースにアクセスできるユーザーや権限設定、MySQLのダンプファイルをインポート、
DrupalのTARファイルを解凍し、sites/default/settings.php ファイルでMySQLの接続設定を書き変える、この流れで行っております。

Drupalのコンテンツなどは、相対パスで設定、URLに依存するコンテンツやモジュールは確認する、

ファイルやディレクトリなどのパーミッションを確認、など

ご回答ありがとうございます。Backup and migrateを使った際の不具合について説明させて頂きます。
テーマのインストールする為に、tar.gzのURLを入力してインストールする際に
通常ならURLを入力してそのままインストールできるのですが、URLを入力しても目的のフォルダが生成されません。
もう一度同じテーマをインストールしようとと試して見た所、下記の様なエラーが表示されます。
themesフォルダのパーミッションを777に変えて見たのですが、やはり目的のテーマフォルダは生成されません。

以下はskyというテーマをインストールしようとした際に表示されたエラーです。

Error installing / updating
File Transfer failed, reason: Cannot create directory /public_html/top/sites/all/themes/sky
Next steps

使用しているバージョンは7.8でした。7.10にアップグレートしてみます。
ただ、新たな問題に遭遇しまして困っています。

Backup and migrateを使ってJay Matwichukさんの一連の手順でサイトをコピーしました。
新しくコピーによって作られたサイトには、上記の問題以外に目立ったトラブルは見られませんでした。
ただ、ここで大問題が発生しました。元のサイトが表示されなくなってしまいました。
具体的には下記の様な症状が起きます。
IE、opera、opera mini,他どのOSでも同様の問題が起きるのでブラウザのキャッシュ等の問題ではないようです。
キャッシュをクリアしても駄目でした。chromeの場合、下記の様な文言が表示されます。

このウェブページにはリダイレクト ループが含まれています
http://example.net/top/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/ja/j... のウェブページはリダイレクトの回数が多すぎます。このサイトの Cookie を削除するか、サードパーティの Cookie を許可すると問題が解決することがあります。引き続き問題が解決しない場合は、ご使用のコンピュータではなく、サーバー側の設定上の問題である可能性があります。
ヒント:
Reload this web page later.
この問題の詳細については、こちらをご覧ください。

エラー 310 (net::ERR_TOO_MANY_REDIRECTS): リダイレクトが多すぎます。

このサイトでは、example.netにアクセスするとexample.net/topへリダイレクトするようにhtaccessで設定してあります。
ただ、htaccessでのリダイレクトを無効にしても同様の問題が発生します。
drupalはtopディレクトリにインストールしています。

新しいコピーサイトの存在が、元のサイトに影響を及ぼすことはありえるのでしょうか？
ちなみに、コピーサイトを削除しても同様の問題が起きています。